Au nombre de 8, les départements ont pour tâche première l'organisation et la supervision de l'enseignement et de la recherche. Chaque département est composé de plusieurs spécialités qui correspondent, au niveau du CHU, à un ou plusieurs services. Cette richesse en spécialités explique l'élan pris par le CHU dans les domaines médicaux de pointe (chirurgie cardiaque, transplantation d'organes, réanimation médicale...)
Médecine A
Le chef de département : Mounir Ben Jemaa
Les spécialités relevant de ce département sont :









Médecine B
Le chef de département: Mohamed Habib Elleuch
Les spécialités relevant de ce département sont :







Chirurgie A
Le chef de département: Zoubeir Ellouze
Les spécialités relevant de ce département sont :






Chirurgie B
Le chef de département: Mohamed Abdelmoula
Les spécialités relevant de ce département sont :





Sciences de base A
Le chef de département: Bassem Abid
Les spécialités relevant de ce département sont :










Sciences de base B
Le chef de département: Jalel Gargouri
Les spécialités relevant de ce département sont :











Santé communautaire A
Le chef de département: Neila Belguith
Les spécialités relevant de ce département sont :





Santé communautaire B
Le chef de département: Lobna Zouari
Les spécialités relevant de ce département sont :





