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Départements
Au nombre de 8, les départements ont pour tâche première l'organisation et la supervision de l'enseignement et de la recherche. Chaque département est composé de plusieurs spécialités qui correspondent, au niveau du CHU, à un ou plusieurs services. Cette richesse en spécialités explique l'élan pris par le CHU dans les domaines médicaux de pointe (chirurgie cardiaque, transplantation d'organes, réanimation médicale...)
 

Médecine A

Le chef de département : Mounir Ben Jemaa
Les spécialités relevant de ce département sont :
Dermatologie.
Endocrinologie+Détails...
Hématologie clinique.
Maladies infectieuses.
Médecine interne.
Néphrologie.
Radiologie.
Réanimation médicale.

Médecine B

Le chef de département: Mohamed Habib Elleuch
Les spécialités relevant de ce département sont :
Carcinologie radiothérapie.
Cardiologie.
Gastro-entérologie.
Médecine physique.
Neurologie.
Pneumologie.
Rhumatologie.

Chirurgie A

Le chef de département: Zoubeir Ellouze
Les spécialités relevant de ce département sont :
Chirurgie cardio-Vasculaire.
Chirurgie générale.
Chirurgie pédiatrique.
Chirurgie plastique et réparatrice.
Orthopédie.
Urologie.

Chirurgie B

Le chef de département: Mohamed Abdelmoula
Les spécialités relevant de ce département sont :
Anesthésie Réanimation.
Chirurgie maxillo-faciale et stomatologie.
Neuro-Chirurgie.
Ophtalmologie.
O.R.L.

Sciences de base A

Le chef de département: Bassem Abid
Les spécialités relevant de ce département sont :
Anatomie. +Détails...
Biochimie. +Détails...
Biophysique. +Détails...
Histologie. +Détails...
Physiologie. +Détails...

Sciences de base B

Le chef de département: Jalel Gargouri
Les spécialités relevant de ce département sont :
Anatomie pathologique. +Détails...
Hématologie Biologique.
Immunologie. +Détails...
Microbiologie. +Détails...
Parasitologie. +Détails...
Pharmacologie. +Détails...

Santé communautaire A

Le chef de département: Neila Belguith
Les spécialités relevant de ce département sont :
Génétique. +Détails...
Gynécologie-obstétrique.
Néonatologie.
Pédiatrie.

Santé communautaire B

Le chef de département: Lobna Zouari
Les spécialités relevant de ce département sont :
Médecine légale.
Médecine préventive. +Détails...
Médecine de travail. 
Pédo-Psychatrie.
Psychiatrie.